Академия осуществляет взаимодействие с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти и профильными научными и научно-исследовательскими организациями Российской Федерации.

Взаимодействие осуществляется в целях развития исследований и проведения согласованной технической политики в области криптографии и в смежных научных отраслях.

Основными направлениями деятельности в рамках взаимодействия являются  обеспечение координации исследований в области теоретической и прикладной криптографии, развитие новых криптографических технологий, а также создание условий для развития отечественной криптографической науки и практики.

Для реализации отдельных направлений сотрудничества Академия вправе заключать договоры и соглашения с заинтересованными организациями в установленном законодательством Российской Федерации порядке.

В частности, 02.10.2018 года заключено соглашение о сотрудничестве с Российской академией наук, 14.04.2021 года заключено соглашение с Высшей школой экономики,18.11.2021 года заключено соглашение о сотрудничестве с Ассоциацией больших данных.

31 марта 2022 года было подписано соглашение о сотрудничестве с федеральным государственным унитарным предприятием "Ордена Трудового Красного Знамени Российский научно-исследовательский институт радио имени М.И. Кривошеева", на базе подразделения Центра систем квантовых коммуникаций.

Взаимодействуя с такими авторитетными научными организациями, Академия стремится к развитию отечественной криптографической школы, повышению роли науки в решении задач обеспечения информационной безопасности Российской Федерации.